使用防噪音耳塞通常是安全的，但须预防一些长期使用防噪音耳塞可能出现的潜在危险。在佩戴防噪音耳塞时，会导致中耳的气压上升，并推向耳鼓导致疼痛，这是因为防噪音耳塞使用过度。
为了避免这个危险，先将防噪音耳塞搓细并放到预好的理想位置，当防噪音耳塞完全膨胀后最好不再往里推。反之亦然，拉出防噪音耳塞时为了避免耳鼓受损，应慢慢地将防噪音耳塞旋出而不是强拉出来。
使用防噪音耳塞可能导致耳垢在耳塞放入耳道的同时被推进中耳，这能造成耳鸣，减弱听觉，疼痛或细菌感染。耳垢过多的使用者应更小心地使用防噪音耳塞，且耳塞应经常用水和温和的肥皂清洗。
此外，防噪音耳塞也有可能成为耳炎的激发因素，因为在温暖的，潮湿的环境下，许多细菌会繁殖得更旺盛。
现防噪音耳塞材质大都分为泡沫类型、PVC防水及硅胶三类，高弹性聚脂材料的，大都进行了防冲击设计，比如3M1270耳塞就是硅胶材质，可水洗后反复使用。而泡沫材质的如3M1100耳塞，建议用完立即丢弃，因为水洗后会导致防噪音耳塞失去慢回弹的特性，降低防噪音性能。
